mRNA 5’UTRs optimization

简介

该模块基于Smart5UTR模型实现，Smart5UTR 是一种新颖的深度生成模型，设计用于在 mRNA 序列中创建 N1-甲基假尿苷 （m1Ψ） 5’ UTR。Smart5UTR 利用多任务自动编码器框架，利用从大型数据集中学习到的潜在特征，有效地生成 5’ UTR 序列。Smart5UTR设计的mRNA的性能已通过体外和体内实验得到验证。这个强大的工具简化了m1Ψ-5’UTRs的设计，有助于开发更有效的mRNA疗法。

参数说明

Sequence of 5’UTR

mRNA 5’UTR的序列，如：GGAGCCGAGGCGGGCCGATTCACGATCGGTTCGCAAAAACTGTTTGGGTT
备注：输入序列长度不超过50碱基。

结果说明

输出result.csv结果文件，包含以下信息：
Original Sequence: 初始序列
Optimized Sequence: 优化后的序列
Optimized MRL: 优化序列预测的MRL值

MRL解释：
mean ribosome load (MRL) 平均核糖体加载值，是反映mRNA序列翻译效率的指标,值越大表示翻译效率越高，一般大于5.0

参考文献

Xiaoshan Tang, et al., A novel deep generative model for mRNA vaccine development: Designing 5ʹ UTRs with N1-methyl-pseudouridine modification, Acta Pharmaceutica Sinica B, 2023
https://doi.org/10.1016/j.apsb.2023.11.003