Immunogenicity Prediction (AlphaMHC v3.0 beta)

介绍

AlphaMHC v3.0在多个方面相比v2.0进行了大幅优化，
主要包括：
1、风险评分优化，能更好的反映多重HLA激活的风险贡献；
2、引入新的EL和TCR等更多来源的数据，提升了对可递呈表位的预测能力，对TCR分子的支持更好；
3、全新的结果可视化面板（通过WeSeq运行）；

为了更好的交互体验和对结果进行可视化，推荐从WeSeq中使用本功能。

测试数据：
从FDA和EMA的临床试验中收集了已知免疫原性的分子及其ADA的分布，使用模型对ADA明显较高（ADA>20%）及较低（ADA<5%）的分子进行分类以测试其预测性能。

测试结果：
AlphaMHC v3.0全面超越常见算法及v2.0，性能同类最佳（SOTA）

右图中：

• ACC是准确度，代表所有分子中预测正确的比例；
• PRECISION代表特异性，指预测为高风险的分子中，实际为高ADA分子的比例；
• RECALL代表敏感性，指预测的高风险分子占全部高ADA分子的比例；
• F1是综合了特异性和敏感性的指标；
  以上指标都是越高越好。

参数

动态计算量

≤ 5 条序列：2000 计算量 / 条
第 6–100 条序列：200 计算量 / 条
超过 100 条的部分：20 计算量 / 条

Fasta File

蛋白序列文件，FASTA格式。支持多条链以及多分子模式。
对于多分子模式，序列名称规则为：分子名.链名，例如：

>mol1.A
XXXXXXX
>mol1.B
XXXXXXX
>mol2.A
XXXXXXX
>mol2.B
XXXXXXX

结果说明

• Molecule Score：
  预测的每个分子的免疫原性风险评分以及风险
  （同个分子的多条链的预测结果汇总后综合评估所得）。
  阈值说明：
  当目标蛋白与该分子的评分 ≥ 1 时，将被视为高风险；当评分 < 1 时，将被视为低风险。

• TCE Score：
  预测出的T细胞表位（TCE）以及多个评分指标。

Molecule Score 包含以下信息：

TCE Score 包含以下信息：