Ramachandran Plots

简介

Ramachandran Plots模块是对同源建模后模型质量的评估，仅仅考虑蛋白的构象是否合理，并不涉及能量问题。Ramachandran Plot中φ（phi）表示一个肽单位中α碳左边C-N键的旋转角度， ψ（psi）表示α碳右边C-C键的旋转角度。一般来说落在允许区和最大允许区的氨基酸残基占整个蛋白质的比例高于90%的，可以认为该模型的构象符合立体化学的规则。

参数说明

Structure PDB File

蛋白的结构文件，PDB格式。

Chain ID

选择作图链名称，不填默认为all。

Figure Resolution

图片分辨率（以每英寸点为单位）。

结果说明

输出结果包括：

图中绿色为最大允许区，浅绿色为允许区，白色为不允许区，青色圆点代表在允许区域的氨基酸，红色圆点代表在不允许区域的氨基酸。在白色区域的氨基酸小于5%时，蛋白结构较为合理。

参考文献

Sud M. MayaChemTools: An Open Source Package for Computational Drug Discovery. J Chem Inf Model. 2016 Dec 27;56(12):2292-2297.
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