| 编号 | 331 | |
| 名称 | Therapeutic Antibody Profiler | |
| 封面 |  | |
| 描述 | 基于TAP方法，快速对抗体进行打分，评估抗体的成药性。基于抗体可变区的结构，计算CDR区域及其周围的表面疏水性程度、正电荷分布程度、负电荷分布程度、Fv区的重、轻链之间的净电荷失衡程度，也支持纳米抗体（即TNP）。 | |
| 标签 |
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| 作者 | WECOMPUT | |
| 发布时间 | 2023-11-13 00:00:00 | |
| 参考文献 | ||
- 简介
- 参数说明
- Antibody Fv Structure (PDB)
- Antibody Fv Structure (TAR)
- Nanobody
- Score
- Details
- 结果说明
- 参考文献
Therapeutic Antibody Profiler
简介
Therapeutic Antibody Profiler (TAP) 基于抗体可变区的结构计算抗体的可开发性性质。TAP目前支持单抗与纳米抗体的性质计算。
对于单抗计算以下5个性质，以确定输入单抗的可开发性指标是否与临床阶段的单抗的属性相匹配：
- CDR区总长度：Total CDR Length
- CDR区域及其周围的表面疏水性程度：Patches of Surface Hydrophobicity (PSH) metric across the CDR Vicinity
- CDR区域及其周围的表面正电荷程度：Patches of Positive Charge (PPC) metric across the CDR Vicinity
- CDR区域及其周围的表面负电荷程度：Patches of Negative Charge (PNC) metric across the CDR Vicinity
- Fv区的重、轻链之间的净电荷失衡程度：Structural Fv Charge Symmetry Parameter (SFvCSP)
针对851的治疗性单体（临床I期及之后）的Fv区计算的可开发性指标范围如下（最新更新日期为2025年2月24日）：
| Property | Amber Region | Red Region |
|---|---|---|
| Total CDR Length (L) | 37 ≤ L ≤ 42 | L < 37 |
| 55 ≤ L ≤ 65 | L > 65 | |
| Patches of Surface Hydrophobicity (PSH) | 95.77 ≤ PSH ≤ 111.40 | PSH < 95.77 |
| 167.64 ≤ PSH ≤ 211.65 | PSH > 211.65 | |
| Patches of Positive Charge (PPC) | 1.34 ≤ PPC ≤ 4.20 | PPC > 4.24 |
| Patches of Negative Charge (PNC) | 1.99 ≤ PNC ≤ 4.43 | PNC > 5.67 |
| Structural Fv Charge Symmetry Parameter (SFvCSP) | -30.60 ≤ SFvCSP ≤ -6.00 | SFvCSP < -30.60 |
Amber Region: 指标在851个治疗性抗体（临床I期及之后）的Fv区计算的指标范围内，属于合理区域
Red Region：指标不合理区域，需要调整
Amber Region和Red Region的区域范围定义如下表所示。
对于纳米抗体，计算6个性质，以确定输入纳米抗体的可开发性指标是否与临床阶段的纳米抗体的属性相匹配：
- CDR区总长度：Total CDR Length
- CDR3区总长度：CDR3 Length
- CDR3紧凑度：CDR3 Compactness
- CDR区域及其周围的表面疏水性程度：Patches of Surface Hydrophobicity (PSH) metric across the CDR Vicinity
- CDR区域及其周围的表面正电荷程度：Patches of Positive Charge (PPC) metric across the CDR Vicinity
- CDR区域及其周围的表面负电荷程度：Patches of Negative Charge (PNC) metric across the CDR Vicinity
针对36的治疗性纳米抗体（临床I期及之后）计算的可开发性指标范围如下（最新更新日期为2025年8月14日）：
| Property | Amber Region | Red Region |
|---|---|---|
| Total CDR Length (L) | 20 ≤ L ≤ 24 | L < 20 |
| 38 ≤ L ≤ 39 | L > 39 | |
| CDR3 Length (L) | 5 ≤ L ≤ 8 | L < 5 |
| 22 ≤ L ≤ 23 | L > 23 | |
| CDR3 Compactness (CC) | 0.56 ≤ CC ≤ 0.81 | PSH < 0.56 |
| 1.57 ≤ CC ≤ 1.61 | CC > 1.61 | |
| Patches of Surface Hydrophobicity (PSH) | 73.40 ≤ PSH ≤ 79.59 | PSH < 73.40 |
| 126.83 ≤ PSH ≤ 155.47 | PSH > 155.47 | |
| Patches of Positive Charge (PPC) | 0.39 ≤ PPC ≤ 1.18 | PPC > 1.18 |
| Patches of Negative Charge (PNC) | 1.47 ≤ PNC ≤ 1.88 | PNC > 1.88 |
Amber Region 与 Red Region的定义同上。
参数说明
Antibody Fv Structure (PDB)
抗体结构文件，支持单抗或纳米抗体，PDB格式
Antibody Fv Structure (TAR)
多个单抗Fv结构或者多个纳米抗体结构（PDB格式）的压缩文件，压缩文件格式支持zip，tar或tar相关的压缩格式（.tar.gz, .bz2, .xz）
当同时上传单一结构和压缩包时会合并计算。
Nanobody
当选择该选项时，进行纳米抗体的类TAP计算。默认情况下计算抗体的TAP。
Score
输出打分文件，CSV格式，默认为score.csv。
Details
输出每个残基的打分，CSV格式，默认为detail.csv。
结果说明
输出打分文件score.csv，输出以下信息：
Total CDR Length：CDR区域氨基酸长度
CDR3 Length：CDR3长度（纳米抗体时输出）
CDR3 Compactness：CDR3紧凑度（纳米抗体时输出）
CDR Vicinity PSH Score (Kyte & Doolittle)：CDR区域及其周围的表面疏水性程度
CDR Vicinity PPC Score：CDR区域及其周围的表面正电荷程度
CDR Vicinity PNC Score：CDR区域及其周围的表面负电荷程度
SFvCSP Score：Fv区的重、轻链之间的净电荷失衡程度（单抗时输出）
输出每个残基的打分文件detail.csv，输出以下信息：
PDBFile：结构文件名称
ChainType：链名（单抗时输出）
ResIndex：残基编号
ResLabel：残基名称
CDR Vicinity PSH Score (Kyte & Doolittle)：残基的PSH分数
CDR Vicinity PPC Score：残基的PPC分数
CDR Vicinity PNC Score：残基的PNC分数
参考文献
- Matthew I. J. Raybould, Claire Marks, Konrad Krawczyk, Bruck Taddese, Jaroslaw Nowak, Alan P. Lewis, Alexander Bujotzek, Jiye Shi, and Charlotte M. Deane.Five computational developability guidelines for therapeutic antibody profilingProceedings of the National Academy of Sciences, 2019, 116 (10) 4025-4030.DOI:10.1073/pnas.1810576116.
- The Therapeutic Nanobody Profiler: characterising and predicting nanobody developability to improve therapeutic design. Gemma L Gordon, Joao Gervasio, Colby Souders, Charlotte M Deane. DOI:0.1101/2025.08.11.669635
