IgG Modeling
简介
IgG Modeling对抗体全长序列进行建模，用于构建抗体IgG完整的三维结构，支持单特异性和双特异性抗体。
自动识别全长序列中的可变区（Fv）序列并通过SOTA的方法（目前为ESMFold）进行建模，IgG的其余部分包括Fc和linker以已知全长抗体的晶体结构为模板通过空间约束条件进行同源模建，效果比直接用AF2等方法预测完整IgG结构更优。
参数说明
Heavy Chain 1 Sequence
抗体的第一条重链的序列。
Light Chain 1 Sequence
抗体的第一条轻链的序列。
Heavy Chain 2 Sequence
抗体的第二条重链的序列，非必填，仅在双抗建模时输入。
Light Chain 2 Sequence
抗体的第二条轻链的序列，非必填，仅在双抗建模时输入。
Isotype
IgG亚型，目前支持IgG1和IgG4两种类型。
注意：
1）当待建模序列为单抗时，只需要写入H1与L1即可，H1与H2相同，L1与L2相同，最终模型包含2条相同的重链和2条相同的轻链。
2）当待建模序列为双抗时，需要输入四条链的序列，最终模型包含2条不同重链和2条不同轻链。
结果说明
输出结果包括：
| 输出文件名称 |
说明 |
| antibody_001.pdb-antibody_003.pdb |
输出三个抗体全长的结构 |
| scores.csv |
抗体全长结构打分，其中Spatial Restraint Penalty (SRP)是对结构构象约束的惩罚评分，数值越低代表违反的空间约束越少，越推荐使用。 |
参考文献
- Webb B, Sali A. Comparative Protein Structure Modeling Using MODELLER. Curr Protoc Bioinformatics. 2016 Jun 20;54:5.6.1-5.6.37.
- Martí-Renom MA, Stuart AC, Fiser A, Sánchez R, Melo F, Sali A. Comparative protein structure modeling of genes and genomes. Annu Rev Biophys Biomol Struct. 2000;29:291-325.
- Sali A, Blundell TL. Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J Mol Biol. 1993 Dec 5;234(3):779-815.
- Fiser A, Do RK, Sali A. Modeling of loops in protein structures. Protein Sci. 2000 Sep;9(9):1753-73.
- Lin Z, Akin H, Rao R, et al. Evolutionary-scale prediction of atomic-level protein structure with a language model. Science. 2023 Mar 17;379(6637):1123-1130.
