Substructure Search

简介

Substructure Search模块是小分子子结构搜索模块，实现在化合物库中查询出含有特定子结构的分子并输出到SDF文件中。子结构搜索是化学信息学研究中的常用操作，也可以用于虚拟筛选，从小分子商业库中搜索出含有特定功能片段的分子用于后续实验验证。

参数说明

上传文件搜索子结构：File Search

Substructure File

搜索子结构文件，SDF或者SMI格式

WeDraw画出搜索子结构：Draw

Substructure File

通过WeDraw界面画模板小分子，只允许单个小分子。

通过SMILES字符搜索子结构：Smiles Search

Substructure Smiles

搜索子结构SMILES字符，例如
c1ccccc1
CC(N)=O

Public Library

选择用于相似性搜索的分子库，该模块提供17个公共分子数据库用于进行相似性搜索：

1. Analyticon：~4万库存分子，源自德国的天然产物品牌，专注天然产物提取及类似物合成工作，产品质量稳定。
2. Asinex：~52万库存分子，源自美国的品牌，20多年来致力于类先导化合物及分子砌块的研发供应，价格较贵。
3. Bionet：~23万库存分子，源自英国的品牌，拥有20多年的有机合成经验。
4. Chembridge：~156万库存分子，源自美国的化合物品牌，总部位于圣地亚哥，拥有多样性库、大环库等多种热门化合物库。
5. Chemdiv：~160万库存分子，全球最大的化合物品牌之一，拥有5000多种化合物骨架结构和100多种化合物库，性价比高。
6. Enamine：~273万库存分子，源自乌克兰的化合物品牌，具有较强的化合物研发能力，有高性价比化合物和高价值化合物两类产品。
7. Eximed：~6万库存分子，源自乌克兰的化合物品牌，近20年来致力于提供高通量筛选化合物及相关服务。
8. HTS_Biochemie_Innovationen：~6万库存分子，源自德国的化合物品牌，致力于为制药、农业和生物技术公司开发独特的化合物。
9. IBScreen：~48万库存分子，源自俄罗斯的化合物品牌，拥有多种天然产物及衍生物。
10. Life_Chemicals：~50万库存分子，源自加拿大的化合物品牌，拥有2900多种化合物骨架结构，化合物规格较齐全且有对应价格。
11. Maybridge：~5万库存分子，源自英国的化合物品牌，Thermofisher旗下，产品数量少而专，每种产品均具有较大库存。
12. Otava：~27万库存分子，源自加拿大的化合物品牌，专门从事特色化合物，生物化学药品和生物分析试剂的开发和生成。
13. Princeton：~153万库存分子，源自美国的化合物品牌，20多年来设计独特的小分子化合物用于药物开发。
14. Specs：~21万库存分子，源自荷兰的化合物品牌，价格优势明显。
15. UORSY：~68万库存分子，源自乌克兰的化合物品牌，产品主要用于高通量筛选和药物发现，价格与Enamine接近。
16. Vitas-m：~140万库存分子，源自美国的化合物品牌，在香港拥有发货中心，到货速度快，价格适中。

提示说明：Public Library与Private Library选填其中一个。

Private Library

用于搜索的个人分子库，仅支持SDF格式。
提示说明：Public Library与Private Library选填其中一个。

Output File

输出文件名称，默认matched_molecules.sdf。

结果说明

结果文件为分子库中含有子结构的化合物matched_molecules.sdf。

Public Library与Private Library选填其中一个。

Private Library

用于搜索的个人分子库，仅支持SDF格式。

Public Library与Private Library选填其中一个。

Output File

输出文件名称，默认matched_molecules.sdf。

结果说明

结果文件为分子库中含有子结构的化合物matched_molecules.sdf。

参考文献

Sud M. MayaChemTools: An Open Source Package for Computational Drug Discovery. J Chem Inf Model. 2016 Dec 27;56(12):2292-2297.