Structure Minimization (Small)

简介

Small Molecule Minimization是针对小分子结构进行能量最小化优化并得到优化后的3D结构。支持UFF和MMFF两种分子力场，支持SDG, ETDG, KDG, ETKDG四种构象采样方法，用于生成初始3D构象。注意，每个分子只输出一个能量最低构象，构象搜索推荐使用 3D Conf (AlphaConf)模块。

参数说明

Small Molecule File

小分子文件，支持Mol (.mol), SD (.sdf, .sd), SMILES (.smi .csv, .tsv, .txt)。

Output File

输出文件名称，仅支持SDF格式，默认为minimized_struture.sdf。

Conformer Generator

3D构象方法：SDG, ETDG, KDG, ETKDG, None.

1. SDG：Standard Distance Geometry (SDG)
2. ETDG：Experimental Torsion-angle preference with Distance Geometry
3. KDG：basic Knowledge-terms with Distance Geometry
4. ETKDG：Experimental Torsion-angle preference along with basic Knowledge-terms with Distance Geometry
5. None：代表不使用构象生成算法生成初始构象，直接基于输入文件中的3D构象进行力场优化。因此当输入文件为2D结构或者smiles格式不采用该参数。

Forcefield Method

用于能量最小化的力场方法，包括UFF（Universal Force Field）和MMFF（Merck Molecular Mechanics Force Field）。

Multiprocessing

使用并行计算。

Maximum Number of Iterations

在基于力场优化期间针对每个分子执行的最大迭代次数，默认500。

Random Seed

随机数，用于重现优化后的结构。

结果说明

得到能量最小化后的小分子3D结构文件minimized_struture.sdf。

参考文献

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