PDB ReNumbering

简介

PDB ReNumbering是针对蛋白残基重新编号的工具模块，同时支持抗体kabat，imgt以及chothia的重编号。输入蛋白结构PDB文件，输出重新编号后的PDB文件。

参数说明

Protein Structure File

输入蛋白结构文件，PDB格式。

Renumbering Type

重编号类型，支持指定链从指定数字开始编号，同时支持抗体结构重新编号。
numeric：氨基酸序号重编号
kabat：抗体kabat编号规则重编号
imgt：抗体imgt编号规则重编号
chothia：抗体chothia编号规则重编号
martin：按 Martin（Extended Chothia）编号规则对抗体结构进行重编号
aho：按 AHo 编号规则对抗体结构进行重编号
ccg：按 CCG 编号规则对抗体结构进行重编号

Chain Name

链名，指定具体的链名进行重编号操作。支持输入多条链名，链名之间用英文逗号“,”隔开，如“H,L”。

Start

针对氨基酸序号重编号，指定起始编号数字。

Output File

重编号后的文件名称。

结果说明

重编号后的结构文件名称，默认输出renumbering.pdb。
注意：如果输入是抗体结构，输出结构中重链的链名会自动改为H，轻链链名会改为L。