Peptide VS

简介

Peptide VS模块集成了AutoDock Vina与AutoDock CrankPep进行蛋白-多肽的分子对接，从而预测蛋白-多肽的构象、得到分子对接的能量以及结合亲和力。AutoDock CrankPep则是一个专门用于多肽对接工具，其基于蛋白折叠和刚性受体网格能量背景下，采用蒙特卡罗方法对多肽的折叠进行计算，产生多肽的对接构象。

参数说明

Receptor File

受体结构文件，PDB格式。

Peptide Sequence String

多肽的氨基酸序列，可以成功对接长度达20个氨基酸的肽。一行一条序列，例如：

AINMDSFHTWKVLECGRPQY
HRIAQCSDKW
IYSADCLPKG
AAAAIS

注意：最多支持多肽的氨基酸序列长度为35左右。

Box Center

对接口袋中心的三维坐标（XYZ），空格分割。例如：10 2 -11。

Box Size

对接口袋长方体盒子的大小，必须是整数，空格分割，例如 30 30 30。

Out Pose

每个多肽与蛋白对接后输出的构象数目，默认为10。

结果说明

输出结果包括：

其中Scores.csv包括信息如下：

参考文献

• J. Eberhardt, D. Santos-Martins, A. F. Tillack, and S. Forli. (2021). AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings. Journal of Chemical Information and Modeling.DOI：10.1021/acs.jcim.1c00203
• O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461.DOI：10.1002/jcc.21334
• Podtelezhnikov, A.A., Wild, D.L. CRANKITE: A fast polypeptide backbone conformation sampler. Source Code Biol Med 3, 12 (2008).DOI：10.1186/1751-0473-3-12