GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers. M. J. Abraham, T. Murtola, R. Schulz, S. Páll, J. C. Smith, B. Hess, E. Lindahl, SoftwareX, 1, (2015), 19-25. DOI: https://doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001
Duan L, Liu X, Zhang JZ. Interaction Entropy: A New Paradigm for Highly Efficient and Reliable Computation of Protein-Ligand Binding Free Energy. J Am Chem Soc. 2016 May 4;138(17):5722-8.
https://github.com/Electrostatics/apbs/blob/main/docs/index.rst
目录导航
简介
参数说明
Trajectory方法
Path File
Receptor Name
Ligand Name
Mutation Residue
Force File
Start Time (ps)
End Time (ps)
Skip Time (ps)
Index File
Custom Receptor
Custom Ligand
One Structure方法
System Topology
System GRO
System ITP
结果说明
参考文献
Alanine Scan (MMPBSA)
简介
Alanine Scan (MMPBSA)是计算丙氨酸突变后的结合自由能，并且提供能量分解数据、结合常数（Ka）、抑制剂常数（Ki）。熵的计算采用的是张增辉教授的相互作用熵的方法，该方法直接从分子动力学模拟计算结合自由能的熵组分（相互作用熵或-TΔS），但是需要选取结构稳定部分进行计算。
本模块提供四种计算方法，其中 Trajectory 是针对进行分子动力学模拟轨迹后计算其受配体之间的结合自由能；One Structure 是针对一帧pdb结构或者对接得到的PDB结构计算受配体之间的结合自由能，MMPBSA of One Structure 计算流程中可以直接输入PDB进行计算。 Index Name 是输入受配体组别名称；Custom Name 则是输入受配体的在PDB中的残基编号。
参数说明
Trajectory方法
Path File
MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run (GMX2023)模块或者AlphaAutoMD模块中获取。
