MD PCA

简介

N个原子的柔性大体系如蛋白，其运动轨迹需要3N维笛卡尔坐标来描述，这样高维的数据很难理解和直观分析。MD PCA（Principal component analysis，PCA）模块可以从高维数据中分析出主要的影响因素 (本征向量) 。前几个本征向量（主成分，如前两个主成份则为 PC1，PC2) 一般可以描述分子运动的大部分信息。

参数说明

Path File

MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run (GMX2023)模块或者AlphaAutoMD (GMX2023)模块中获取。

System Group

选择需要计算的结构组别：Backbone，Protein，DNA，RNA。
可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称。

Custom Resid

自定义需要计算的残基编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10，15

Custom Atom

自定义需要计算的原子编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10，15。

Skip Time (ns)

每一帧的间隔时间（单位ns）

Index File

索引文件，格式为ndx

结果说明

得到结果文件，每种类型的文件如果包含PNG、CSV以及XVG后缀，相同名称只是表现形式不同，数据一样