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模块信息
介绍文档
| 编号 | 309 | |
| 名称 | MD SASA | |
| 封面 | .png) | |
| 描述 | 计算指定组别的溶剂可及表面积 | |
| 标签 |
| |
| 作者 | WECOMPUT | |
| 发布时间 | 2023-07-06 00:29:36 | |
| 参考文献 | ||
目录导航
- 简介
- 参数说明
- Path File
- System Group
- Custom Resid
- Custom Atom
- Skip Time (ns)
- Index File
- 结果说明
MD SASA
简介
MD SASA模块是计算指定组别的溶剂可及表面积（solvent accessible surface area，SASA）。
参数说明
Path File
MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run (GMX2023)模块或者AlphaAutoMD (GMX2023)模块中获取。
System Group
选择需要计算的结构组别：Backbone，Protein，DNA，RNA。
可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称。
Custom Resid
自定义需要计算的残基编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10，15
Custom Atom
自定义需要计算的原子编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10，15。
Skip Time (ns)
每一帧的间隔时间（单位ns）
Index File
索引文件，格式为ndx
结果说明
输出结果包括：
| 输出文件名称 | 说明 |
|---|---|
| area.csv | 溶剂可及表面积CSV文件 |
| area.xvg | 溶剂可及表面积XVG文件 |
| area.png | 溶剂可及表面积PNG文件 |
其中area.csv包括信息如下：
| 字段名称 | 说明 |
|---|---|
| Time (ns) | 时间 |
| Total Area (nm^2) | 溶剂可及表面积 |
| Hydrophobic (nm^2) | 疏水表面积 |
| Hydrophilic (nm^2) | 亲水表面积 |
