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模块信息
介绍文档
| 编号 | 306 | |
| 名称 | MD Clustering | |
| 封面 | .png) | |
| 描述 | 分子动力学轨迹进行归簇分析 | |
| 标签 |
| |
| 作者 | WECOMPUT | |
| 发布时间 | 2023-07-04 11:40:38 | |
| 参考文献 | ||
目录导航
- 简介
- 参数说明
- Path File
- Cutoff
- Cluster Method
- System Group
- Custom Resid
- Custom Atom
- Skip Time (ns)
- 结果说明
MD Clustering
简介
MD Clustering是对动力学轨迹进行归簇分析。
参数说明
Path File
MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run (GMX2023)模块或者AlphaAutoMD (GMX2023)模块中获取。
Cutoff
聚类时结构的RMSD截断值(nm)
Cluster Method
聚类算法：linkage, jarvis-patrick, monte-carlo, diagonalization, gromos， 默认使用gromos算法。
System Group
选择需要计算的结构组别：Backbone，Protein，DNA，RNA。
可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称。
Custom Resid
自定义需要计算的残基编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10,15
Custom Atom
自定义需要计算的原子编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10,15
Skip Time (ns)
每一帧的间隔时间（单位ns）
结果说明
输出结果包括：
| 输出文件名称 | 说明 |
|---|---|
| clusters.pdb | 差异较大的每个簇的代表性结构 |
| clust-size.xvg | 各个簇的帧数 |
| cluster.xvg | 各个簇和轨迹帧号的对应关系 |
