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介绍文档
| 编号 | 301 | |
| 名称 | Membrane System Construction | |
| 封面 | .png) | |
| 描述 | 构建膜结构的PDB文件 | |
| 标签 |
| |
| 作者 | WECOMPUT | |
| 发布时间 | 2023-06-21 16:29:32 | |
| 参考文献 | ||
目录导航
- 简介
- 参数说明
- Lipid Component
- Lipid Ratio
- Lipid Number
- Orientated Structrue File
- Ions
- Ions Concentration
- Ions Number
- Force Field
- Length of XY
- Length of Z
- 结果说明
Membrane System Construction
简介
Membrane System Construction构建膜结构的PDB文件。
需要注意的是：Amber参数涉及有大分子的AMBER力场、小分子的GAFF力场、糖的GLYCAM以及磷脂的LIPID力场，这四个力场是可以兼容的。Charmm也有自己一套力场，涉及有CHARMM力场(适用于大分子、糖、磷脂)和CGenFF力场(适用于小分子)，这两个力场是相互兼容的。
目前WEMOL上只支持GAFF力场的小分子计算，所以当存在小分子时，膜的成分必须为AMBER力场下的。
参数说明
Lipid Component
必须遵循格式：lipid1:lipid2//lipid3，“//”用于区分上膜和下膜，没有“//”表示上膜和下膜中相同的脂质成分!
注：在charmm力场作用下，支持以下38种脂质构建膜：
CHL1 SITO ERG1 DLPA DLPC DLPE DLPG DLPS DMPA DMPC DMPE DMPG DMPS DOPA DOPC DOPE DOPG DOPS DPPA DPPC DPPE DPPG DPPS DSPA DSPC DSPE DSPG DSPS POPA POPC POPE POPG POPS SOPA SOPC SOPE SOPG SOPS
注：在charmm力场作用下，还支持以下26种心磷脂膜：
LACH LACL LBCH LBCL LCCH LCCL LDCH LDCL OACH OACL OCCH OCCL PACL PMCH PMCL POCH POCL PVCL TLCH TLCL TMCH TMCL TOCH TOCL TYCH TYCL
注：在amber力场作用下，支持以下253种脂质构建膜：
CHL1 AHPA AHPC AHPE AHPG AHPS ALPA ALPC ALPE ALPG ALPS AMPA AMPC AMPE AMPG AMPS AOPA AOPC AOPE AOPG AOPS APPA APPC APPE APPG APPS ASPA ASPC ASPE ASPG ASPS DAPA DAPC DAPE DAPG DAPS DHPA DHPC DHPE DHPG DHPS DLPA DLPC DLPE DLPG DLPS DMPA DMPC DMPE DMPG DMPS DOPA DOPC DOPE DOPG DOPS DPPA DPPC DPPE DPPG DPPS DSPA DSPC DSPE DSPG DSPS HAPA HAPC HAPE HAPG HAPS HLPA HLPC HLPE HLPG HLPS HMPA HMPC HMPE HMPG HMPS HOPA HOPC HOPE HOPG HOPS HPPA HPPC HPPE HPPG HPPS HSPA HSPC HSPE HSPG HSPS LAPA LAPC LAPE LAPG LAPS LHPA LHPC LHPE LHPG LHPS LMPA LMPC LMPE LMPG LMPS LOPA LOPC LOPE LOPG LOPS LPPA LPPC LPPE LPPG LPPS LSPA LSPC LSPE LSPG LSPS MAPA MAPC MAPE MAPG MAPS MHPA MHPC MHPE MHPG MHPS MLPA MLPC MLPE MLPG MLPS MOPA MOPC MOPE MOPG MOPS MPPA MPPC MPPE MPPG MPPS MSPA MSPC MSPE MSPG MSPS OAPA OAPC OAPE OAPG OAPS OHPA OHPC OHPE OHPG OHPS OLPA OLPC OLPE OLPG OLPS OMPA OMPC OMPE OMPG OMPS OPPA OPPC OPPE OPPG OPPS OSPA OSPC OSPE OSPG OSPS PAPA PAPC PAPE PAPG PAPS PHPA PHPC PHPE PHPG PHPS PLPA PLPC PLPE PLPG PLPS PMPA PMPC PMPE PMPG PMPS POPA POPC POPE POPG POPS PSPA PSPC PSPE PSPG PSPS SAPA SAPC SAPE SAPG SAPS SHPA SDPA SHPC SDPC SHPE SDPE SHPG SDPG SHPS SDPS SLPA SLPC SLPE SLPG SLPS SMPA SMPC SMPE SMPG SMPS SOPA SOPC SOPE SOPG SOPS SPPA SPPC SPPE SPPG SPPS PSM SSM
Lipid Ratio
膜成分比例，格式为ratio1:ratio2//ratio3
Lipid Number
膜成分数量比例，格式为number1:number2//number3
Orientated Structrue File
定向结构文件，pdb格式
Ions
添加离子类型，格式为ion1:ion2//ion3，“//”用于区分上下膜，没有“//”表示上下膜中离子成分相同！支持以下5种离子：NA、K、CL、CA、MG。
Ions Concentration
离子成分比例，格式为conc1:conc2//conc3，与Ion参数顺序相同
Ions Number
离子成分数量比例，格式为number1:number2//number3，与Ion参数顺序相同
Force Field
只支持“amber”力场和“charmm”力场。默认的“amber”力场
Length of XY
膜的X轴和Y轴长度，默认为50 Å
Length of Z
膜的Z轴长度，默认为100 Å
结果说明
输出结果包括：
| 输出文件名称 | 说明 |
|---|---|
| membrane_lipid.pdb | 纯膜体系下生成的结构文件，当存在配体或者受体时不会生成该文件。 |
| membrane_orientation.pdb | 膜与受体/配体/复合物的结构文件，纯膜时不生成该文件。 |
| orientation.pdb | 受体/配体/复合物的取向结构，纯膜时不生成该文件。 |
