Molecule In Membrane

简介

Molecule In Membrane模块是生成受体/配体/复合物取向位置与膜的结构文件。

参数说明

Receptor File

受体结构，PDB格式。如果一个受体含有配体，可以把它们组合成一个受体结构。

Receptor Position

“center”，“upper”或“upper”，默认“upper”，即受体相对于膜的位置

Receptor Orientation

“inside”或“outside”，默认为“outside”，即n端相对于膜的取向，只有受体在“center”时才有效。

Receptor Heteroatom

“yes”或“no”，默认“no”，即当受体定向时是否考虑受体结构中的非受体分子，仅当受体位于“center”时有效。

Receptor Z Shift

受体结构的向Z轴位移距离，仅当受体处于“center”时有效。

Ligand File

配体结构，PDB格式。通常是指相对于受体的独立配体分子

Ligand Position

“center”、“upper”或“lower”，当受体不在“center”时默认为“center”，当受体在“center”时默认为“upper”，即配体相对于膜的位置

Ligand Orientation

“inside”或“outside”，默认为“outside”，即n端相对于膜的取向，只有配体在“center”时才有效。

Ligand Z Shift

配体结构的向Z轴位移距离，仅当配体处于“center”时有效。

Ligand Number

配体分子数，默认为1。只有配体在“upper”或“lower”时才有效

Length of XY

膜的X轴和Y轴长度，默认为50 Å

Length of Z

膜的Z轴长度，默认为100 Å

结果说明

输出结果包括：