Protein Isoelectric Point
简介
Protein Isoelectric Point（pI），即分子不带净电荷的pH值，是影响分子理化性质甚至功能的关键参数。该模块使用多种不同的算法，基于序列计算分子的pI数值，并可以对多条链的结果进行合并计算。
基于唯信团队使用部分内部抗体实测pI数据的对比，Sillero算法的精度相对更高，推荐采用。
唯信测试用的抗体分子和对应的实测pI数值区间和均值如下图所示。
用不同算法计算的pI数值与实测均值的差值及相关性如下图所示。
基于R和RMSE等指标，Sillero的相关性略优于其他算法。
参数说明
Protein Sequence File
蛋白的序列文件，FASTA格式。
pI Result File
使用所选模型预测pI的输出文件，默认名称result.csv。
Plot
绘制二维散点图，默认False。
Plot File
二维散点图（分子量与等电点）表示为热图，默认名称result.png。
Merge Chain
根据链名，将来自同一序列的多条链的pI值进行合并计算。
例如：mol1.chain1与mol1.chain2将被合并为mol1分子的结果。同名的链也会被视为同一个分子。
Merge Output File
仅当merge_chain=True时可用。默认值:merged.csv。
Job Number
并行任务数，默认为1。
结果说明
输出结果包括：
| 输出文件名称 |
说明 |
| result.png |
当Plot=True时输出二维散点图（分子量与等电点），热图形式 |
| result.csv |
使用所选模型预测pI的输出文件 |
| merged.csv |
多条链的pI合并输出文件 |
其中result.csv包括信息如下：
| 字段名称 |
说明 |
| Protein ID |
蛋白序列名称 |
| Molecular weight (Da) |
蛋白分子量 |
| pI |
蛋白等电点 |
参考文献
Kozlowski LP. IPC - Isoelectric Point Calculator. Biol Direct. 2016 Oct 21;11(1):55.
