Cleavage Site Prediction (DeepDigest)

简介

Cleavage Site Prediction (DeepDigest) 模块基于深度学习，用于预测8种常用蛋白酶（trypsin, ArgC, chymotrypsin, GluC, LysC, AspN, LysN, and LysargiNase）的蛋白型裂解位点。它整合了卷积神经网络和长短时记忆网络，以实现高准确性和稳健性。与传统的机器学习算法（逻辑回归、随机森林和支持向量机）相比，对所有8种蛋白酶都有更准确的预测精度。
以下是八种常用蛋白酶的蛋白型裂解位点预测：

1. 胰蛋白酶（trypsin）是由胰腺分泌的一种组成蛋白质消化酶，可水解多肽和蛋白质的肽键。胰蛋白酶对于含有精氨酸、天冬酰胺等氨基酸残基的多肽和蛋白具有高度的特异性。
2. 精氨酸C端肽段（ArgC）是由ArgC这种无钠胰蛋白酶切割产生的一种特异性肽段，它的切割位点是精氨酸残基(Arg)。
3. 粒胰蛋白酶（chymotrypsin）是一种由胰腺分泌的消化酶，可水解含有芳香族氨基酸残基的多肽和蛋白质，具有高度的特异性。
4. 谷氨酸C端蛋白酶（GluC）可以识别和水解蛋白质中的谷氨酸残基，通过水解蛋白质分子的内部肽键来催化蛋白质的降解。
5. 赖氨酸C端肽段（LysC）是一种特定的氨基酸序列，通常由LysC这种胰蛋白酶采用的切割位点确定。LysC肽段包含了一个含有两个赖氨酸残基的肽段，这些赖氨酸残基是可以被氨基酸测序等分析技术识别的标志性序列。
6. 天冬氨酸N端肽段（AspN）是由AspN这种蛋白酶切割蛋白质而产生的一种肽段，它的切割位点是氨基酸序列中的天冬氨酸残基(Asp)。
7. 赖氨酸N端肽段（LysN）是溶葡萄球菌素的一个片段，它具有高度的特异性和活性，可针对金黄色葡萄球菌等细菌的细胞壁进行水解裂解。这一裂解是通过LysN肽段序列中的特定赖氨酸-甘氨酸(Lys-Gly)肽键实现的。
8. L-精氨酸胺基肽酶（LysargiNase）是一种从放线菌属真菌（链霉菌属）分离出来的碱性蛋白酶，它主要作用是水解L-精氨酸的肽键，从而移除蛋白质序列中的精氨酸。
   

参数说明

Protein Sequence File

蛋白的序列文件，FASTA格式

结果说明

输出对应8个蛋白酶的csv文件，每个csv文件包括信息如下：

*注：概率值区间为0-1，越接近1表示发生概率越大。

参考文献

Yang, J.; Gao, Z.; Ren, X.; Sheng, J.; Xu, P.; Chang, C.; Fu, Y. DeepDigest: Prediction of Protein Proteolytic Digestion with Deep Learning. Anal. Chem. 2021, 93 (15), 6094–6103.