Protein Physico-chemical Properties
简介
对上传的蛋白Fasta序列分析其蛋白的理化性质，包括分子质量、等电点、消光系数、不稳定系数、蛋白质的芳香值、总平均亲水性以及二级结构占比。
参数说明
Protein Sequence File
输入的蛋白FASTA文件，格式：FASTA。
Output File
输出文件名称，必须为CSV后缀。
Merge Chain
是否合并来自同一蛋白质链的信息。
Merge Output File
仅当merge_chain=True时可用。默认值：merged.csv。
Job Number
并行任务数，默认为1。
DeepSP Output
DeepSP数据输出文件
结果说明
输出结果包括：
| 输出文件名称 |
说明 |
| result.csv |
序列名称和蛋白质的信息一一对应的CSV文件 |
| merged.csv |
合并来自同一蛋白质链的信息的CSV文件 |
| deepsp_descriptors.csv |
当输入序列是抗体时输出对应的CSV文件 |
其中result.csv和merged.csv，包含信息如下：
| 字段名称 |
说明 |
| Sequence ID |
蛋白序列名称 |
| Molecular Weight |
蛋白序列分子量 |
| Isoelectric Point |
蛋白序列等电点 |
| Molar Extinction Coefficient (without disulfide bond) |
假设半胱氨酸被还原时的摩尔消光系数，单位为M-1·cm-1。 |
| Extinction Coefficient (without disulfide bond) |
假设半胱氨酸被还原时的消光系数，单位为g·L-1。 |
| Molar Extinction Coefficient (with disulfide bond) |
假设成对半胱氨酸形成的二硫键的摩尔消光系数，单位为M-1·cm-1。 |
| Extinction Coefficient (with disulfide bond) |
假设成对半胱氨酸形成的二硫键的消光系数，单位为g·L-1。 |
| Instability Index |
蛋白的不稳定指数，当该数值高于40时都表示蛋白质不稳定(半衰期很短)。该数值超过 40 后，数值越大代表预测的不稳定性越高。 |
| Aromaticity |
蛋白质的芳香值，即为Phe+Trp+Tyr的相对频率。 |
| Grand average of hydropathicity (GRAVY) |
总平均亲水性，若此数值为负值则说明该蛋白为亲水性蛋白，反之为疏水性蛋白。GRAVY 值越低（越负），亲水性越强；GRAVY 值越高（越正），疏水性越强。 |
| Helix Fraction |
计算Helix结构在蛋白上所占比例。Helix中的氨基酸：V，I，Y，F，W，L。 |
| Turn Fraction |
计算Trun结构在蛋白上所占比例。Trun中氨基酸顺序为：N，P，G，S。 |
| Sheet Fraction |
计算Sheet结构在蛋白上所占比例。Sheet中氨基酸：E，M，A，L。 |
| Net Charge |
蛋白结构在特定pH值下的净电荷 |
其中deepsp_descriptors.csv包含信息如下：
| 字段名称 |
说明 |
| SCM_neg_* |
SCM（Spatial Charge Map，空间电荷图），是一种用于量化抗体表面电荷分布的指标，一般来说，SCM 值越高，抗体溶液的黏度可能越大 |
| SAP_pos_* |
SAP（Spatial Aggregation Propensity，空间聚集趋势），一种评估抗体空间聚集趋势的指标，SAP数值越高，空间聚集趋势越大 |
参考文献
Wilkins MR, Gasteiger E, Bairoch A, Sanchez JC, Williams KL, Appel RD, Hochstrasser DF. Protein identification and analysis tools in the ExPASy server. Methods Mol Biol. 1999;112:531-52.
Kalejaye, L.; Wu, I.-E.; Terry, T.; Lai, P.-K. DeepSP: Deep Learning-Based Spatial Properties to Predict Monoclonal Antibody Stability. Comput. Struct. Biotechnol. J. 2024, 23, 2220–2229
