Target-based Linear Peptide Design

简介

基于受体结构（目前支持单链）进行结合线性多肽设计。该模块算法基于AlphaFold2与Colabdesign实现。通过新型竞争结合策略进行线性肽设计。在同时存在两条肽段的情况下预测受体结构，对于单条肽段结构本身就能被准确预测的体系，该方法能以统计学显著性将亲和力更高的肽段捕获在结合态，而把另一条肽段留在游离态。在六种蛋白受体上进行了验证，这些受体已有与多条肽段的实验亲和力数据。结果表明，该方法最适用于识别中等至强亲和力、且在结合后能形成稳定二级结构的肽段。

参数说明

Receptor Structure

PDB格式的受体结构。

Binder Length

设定肽binder的长度，如：10。

Chain

指定PDB文件中作为受体的链，如：“B”，如果结构中只有一条链，可以不用指定。
注意：目前仅支持单链模式，且链的长度不超过500个氨基酸。

Hotspot Residues

指定受体中的热点残基，如：‘1-10,12,15’

Binder Sequence

指定多肽binder的起始序列，如设定，则会在此序列的基础上继续设计。

Binder Chain

如果已有多肽binder在参数1的PDB文件中，指定该多肽为哪条链，可以此为基础进行多肽binder的优化设计。

Use Multimer

默认False，是否使用Alphafold-Multimer进行设计

Flexible

是否设定受体的骨架为柔性。

Output

指定输出的结构评分文件名称，默认为“design_scores.csv”

结果说明

输出5个肽binder设计的PDB文件：result_0~4.pdb，为受体中选择的链结构与设计肽的复合物。5个设计结果为5次平行设计的不同结果。
输出结构的评分指标：design_scores.csv，包含如下信息：

参考文献

L. Chang, A. Perez, Angew. Chem. Int. Ed. 2023, 62, e202213362; Angew. Chem. 2023, 135, e202213362.