Enumerate Stereoisomers

简介

Enumerate Stereoisomers是枚举小分子立体异构体的工具，支持顺反异构体和对映异构体两种形式的枚举。立体异构（stereoisomerism）是在有相同分子式的化合物分子中，原子或原子团互相连接的次序相同，但在空间的排列方式不同，与构造异构同属有机化学范畴中的同分异构现象。对所有或未分配的手性原子和键周围的分子进行立体异构体的组合枚举。

参数说明

Enumerate Stereoisomers (File)模式

Input File

小分子结构文件，支持SMILES、MOL、SDF格式。

Output File

指定输出文件的名称，支持SDF（.sd）和SMILES格式（.smi）。

Mode

枚举模式，包括如下：
UnassignedOnly：只枚举未分配手性原子和键的分子的构型异构体。所有原子和键都分配手性时，选择该选项得到该分子本身。
All：枚举所有立体异构体，包括构型异构和构象异构。

Number

每个分子产生异构体的最大数目。

Enumerate Stereoisomers (String)模式

Smiles String

小分子的smiles字符串，一行一个分子

结果说明

得到小分子构型异构体的组合SDF文件generated_isomers.sdf。

参考文献

Sud M. MayaChemTools: An Open Source Package for Computational Drug Discovery. J Chem Inf Model. 2016 Dec 27;56(12):2292-2297. doi: 10.1021/acs.jcim.6b00505.