HADDOCK

简介

HADDOCK v3.0 是一个自下而上的对长期以来被证实的HADDOCK的重新构想，用于生物分子复合物的综合建模。旨在对HADDOCK的核心功能进行模块化和扩展。它能够充分利用模糊的相互作用约束（AIRs）来驱动对接过程。使用蛋白质-蛋白质对接基准5对它进行了评估，并与实时版本（v2.4）进行了比较。该评估是使用每个复合物的真实界面（3.9 Å）进行的，并以成功率表示；在按HADDOCK-score排名的特定解决方案子集中，至少有一个对接解决方案低于指定阈值的BM5目标数量。

参数说明

Antibody File

用于进行对接的抗体PDB文件，当前仅支持普通双链抗体（需要含有重、轻链），不支持VHH

Antigen File

用于进行对接的抗原PDB文件
注意：
1.每次对接任务仅支持输入一个抗原结构。
2.HADDOCK运行时长约为2-10小时，取决于抗原抗体的体系大小。

结果说明

输出结果包括：

其中score.csv，包含信息如下：

参考文献

• Dominguez C, Boelens R, Bonvin AM. HADDOCK: a protein-protein docking approach based on biochemical or biophysical information. J Am Chem Soc. 2003 Feb 19;125(7):1731-7.DOI:10.1021/ja026939x