Cyclic Peptide Design

简介

基于AfCycDesign算法，利用ColabDesign与AlphaFold2等技术，基于模板分子结构骨架的环肽设计，或进行全新环肽设计。测试表明，这种方法能够准确地预测来自单一序列的原生环状肽的结构，在49个案例中，有36个被预测为高置信度的环状肽，pLDDT>0.85，与原生结构相匹配，均方根偏差(RMSD)小于1.5 Å。

参数说明

本模块存在两种模式FixBB与Hallucination，其中前者表示进行基于模板蛋白（环肽）结构骨架的环肽设计；后者表示进行全新的环肽设计，不参考模板骨架，可设置环肽长度。
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FixBB模式参数

Structural Template

上传模板蛋白（环肽）结构。注意，环肽长度不能超过100个氨基酸。

Chain

指定模板蛋白中用于参考设计的蛋白链标识，如：“B”，如果结构中只有一条链，可以不用指定。

Fix Position

指定设计时固定模板蛋白中的某些位置的氨基酸不变化，如：‘1,5-10’ 将固定模板蛋白中的第1和5至10的氨基酸不变。

Hallucination模式参数

Peptide Length

指定全新设计的环肽长度，如：20.

Remove Residue

指定设计时需要去除的氨基酸类型，如：“C,W”表示设计的环肽不会出现cysteine和Tryptophan。

结果说明

设计的环肽的三维结构文件result.pdb。

参考文献

• Stephen A. Rettie, Katelyn V. Campbell, Asim K. Bera, Alex Kang, Simon Kozlov, Joshmyn De La Cruz, Victor Adebomi, Guangfeng Zhou, Frank DiMaio, Sergey Ovchinnikov, Gaurav Bhardwaj. Cyclic peptide structure prediction and design using AlphaFold. bioRxiv 2023.02.25.529956.