Extract Sequence from Structure (PDB2FASTA)

简介

Extract Sequence from Structure (PDB2FASTA)模块是从蛋白的PDB文件中将序列提取出来保存为FASTA文件。常规氨基酸序列用单字母表示，其他类型都标注为X。

参数说明

Structure PDB File

蛋白的结构文件，PDB格式。

Chain Name

将指定链的序列转存为fasta格式，默认all代表将所有链的序列输出。

Missing Residue

控制是否在输出中包含缺失残基。默认为 true 时跳过 SEQRES 记录中存在但结构文件（ATOM/HETATM）中缺失的残基；设置为 false 时将这些 SEQRES 缺失残基包含在输出结果中。

Output Sequence

输出序列文件名称，FASTA格式。

结果说明

得到蛋白的序列文件，默认为seq.fasta。