Minimize MDP Generation
简介
Minimize MDP Generation是生成能量优化（Minimization）MDP文件的模块。
参数说明
Integrator
模拟中积分方式的选择：cg和steep算法。
Simulation Time (ns)
最小化的最大时间，-1没有最大值。
Convergency Value of Minimization
最大容许力，单位为kJ/(mol·nm)。当最大作用力小于此值，认为最小化过程收敛。（默认为100）
Initial Step
起始步长，单位为nm。（默认为0.01）
Coordinates Output Steps
在轨迹文件中写入坐标的频率。（默认为50）
Log Output Steps
在log文件中写入能量的频率。（默认为50）
Energies Output Steps
在记录能量的文件中写入能量的频率。（默认为50）
PBC
周期化边界条件设置：
Coulomb Type
原子静电相互作用的计算方法，默认为PME。
Cut-off：具有对列表半径rlist 和库仑截止 rcoulomb 的平面截止，其中 rlist>=rcoulumb。
Ewald：经典的Ewald sum静电学。实空间截止Coulomb Cutoff应等于rlist，使用例如rlist=0.9，rcoulomb=0.9。在reciprocal space中使用的波矢量的最高幅度由傅里叶间距控制。direct/reciprocal space 的相对精度由 ewald rtol 控制。
PME： 用于具体指静电相互作用或库仑力的Fast smooth Particle-Mesh Ewald（SPME）。Direct space类似于Ewald sum，而reciprocal space使用FFT执行。网格尺寸由傅里叶间距控制，插值顺序由pme-order控制。
Coulomb Cutoff
指定库仑力阈值，单位为nm。（默认为1.2）
VdW Type
范德华相互作用的计算方法，默认为Cut-off。
Cut-off:用对列表半径rlist和VdW截断rvdw的普通截断，其中rlist >= rvdw。
PME:用于VdW相互作用的快速平滑粒子网格Ewald （SPME）。网格尺寸采用傅里叶间距控制，插补顺序采用pme-order控制。正/倒易空间的相对精度由ewald-rtoll-lj控制，倒易例程使用的具体组合规则由lj-pme-comb-rule设置。
VdW Cutoff
LJ或Buckingham截止距离，单位nm。（默认为1.2）
Constraints
控制拓扑中被转换为刚性完整约束的键类型。典型的刚性水模型没有键，因此不受此关键字的影响。
Output File
输出文件名称
结果说明
得到一个计算最小化的MDP文件mini.mdp。
参考文献
GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers. M. J. Abraham, T. Murtola, R. Schulz, S. Páll, J. C. Smith, B. Hess, E. Lindahl, SoftwareX, 1, (2015), 19-25.
