使用
编号218
名称

MD PDB Prepare

封面
描述
在分子动力学模拟前处理PDB结构,结合PDBFixer工具对输入PDB文件中的蛋白结果进行修复,再分离出PDB文件中的蛋白结构、小分子结构以及核酸结构。
标签
  • Simulations
  • Structure Preparation
  • GROMACS
  • Antibody
  • Protein
作者WECOMPUT
发布时间2022-09-29 00:00:00
参考文献
P. Eastman, M. S. Friedrichs, J. D. Chodera, R. J. Radmer, C. M. Bruns, J. P. Ku, K. A. Beauchamp, T. J. Lane, L.-P. Wang, D. Shukla, T. Tye, M. Houston, T. Stich, C. Klein, M. R. Shirts, and V. S. Pande. 2013. OpenMM 4: A Reusable, Extensible, Hardware Independent Library for High Performance Molecular Simulation. Journal of Chemical Theory and Computation. ACS Publications. 9(1): 461-469.