MD Trajectory

简介

可根据起始帧数、结束帧数以及间隔帧数对平衡模拟进行轨迹提取，从而将其转换为GRO或者PDB轨迹文件。

参数说明

Path File

MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run模块或者AlphaAutoMD模块中获取。

Type

文件输出类型：GRO或者PDB。

Water

输出文件是否保留水盒子。

Start Time (ps)

起始位置（单位ps）。

End Time (ps)

结束位置（单位ps）。

Skip Time (ps)

间隔时间，单位ps。

Index File

索引文件，ndx格式。对于膜体系的轨迹提取是必填项。

结果说明

输出结果包括：

参考文献

GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers. M. J. Abraham, T. Murtola, R. Schulz, S. Páll, J. C. Smith, B. Hess, E. Lindahl, SoftwareX, 1, (2015), 19-25.