GMX Receptor Parameterization

简介

GMX Receptor Parameterization模块根据Gromacs生成受体（包括蛋白或者核酸）的GRO，ITP以及TOP文件。

参数说明

Protein PDB

蛋白结构文件。提交的蛋白质文件最好经过Protein Protonation模块的处理。
若体系中有特殊金属原子，只能选AMBER力场。离子需要按照特定书写格式，以下为一些常见原子书写格式：

  # Mg2+离子
  HETATM 1431 MG    MG A 301     -23.030  15.955  -4.315  1.00 47.40          MG
  # Mn2+离子
  HETATM 1431 MN    MN A 301     -23.030  15.955  -4.315  1.00 47.40          MN
  # Zn2+离子
  HETATM 1431 ZN    ZN A 301     -23.030  15.955  -4.315  1.00 47.40          ZN
  # Fe2+离子
  HETATM 1431  FE2 FE2 A 301     -23.030  15.955  -4.315  1.00 47.40          FE
  # Fe3+离子
  HETATM 1431  FE3 FE3 A 301     -23.030  15.955  -4.315  1.00 47.40          FE
  # Ca2+离子
  HETATM 1431  CA  CA  A 301     -23.030  15.955  -4.315  1.00 47.40          C0
  # Cu2+离子
  HETATM 1431  CU  CU  A 301     -23.030  15.955  -4.315  1.00 47.40          CU

其中atom type，residue需要是大写，atom name只需是标准金属离子（可以通过文本编辑器查看书写格式是否相同）。

Nucleic Acid PDB

核酸结构文件。

Force Field

力场，默认amber14sb_parmbsc1。以下是各个力场适用于那些情况：
amber03，amber99sb，amber14sb_parmbsc1适合蛋白和核酸的凝聚相模拟。
amber14sb_parmbsc1，charmm36-jul2020适用于脂（膜）。
注意：根据提交的pdb结构选取力场。

Water Model

水模型，默认spc。
spc：最好用于GROMOS力场。
spce：对纯水体系比SPC、TIP3P都好。
tip3p：最好用于amber。
tip4p：最好用于opls。

结果说明

输出结果包括：

参考文献

GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers. M. J. Abraham, T. Murtola, R. Schulz, S. Páll, J. C. Smith, B. Hess, E. Lindahl, SoftwareX, 1, (2015), 19-25.