Scaffold Constrained Small Molecule Generation

简介

传统分子生成模型无法限制特定骨架，限制了分子生成在结构优化中的应用，Scaffold Constrained Generation是一种骨架限制的生成模型，可以限制骨架，指定优化部位，特异性的生成全新分子库。

参数说明

SDF File模式

SDF File

小分子骨架结构文件，SDF格式。结构中用星号*表示骨架结构上需要连接新结构片段的位置，如下图所示（可使用WeDraw进行结构编辑）：

Draw模式

SDF File

使用WeDraw生成小分子结构文件，SDF格式。

Smiles模式

Smiles String

输入带*的小分子SMILES，代表生成部分，其他部分固定不变，支持输入多个。例如：*c1cnc2ccccc2c1

Number of Molecules

期望生成的分子数目。

Output File

最终输出文件的文件名称，默认为scg_results.sdf。

结果说明

生成优化后的分子库的sdf文件scg_results.sdf。

参考文献

• Langevin M, Minoux H, Levesque M, Bianciotto M. Scaffold-Constrained Molecular Generation. J Chem Inf Model. 2020 Dec 28;60(12):5637-5646. DOI:10.1021/acs.jcim.0c01015