mRNA Optimization (AlphaRNA)

简介

AlphaRNA是Wecomput开发的程序，可以有效地共同优化CAI（Codon Adaption Index）和MFE（Minimum free energy）/AUP（Average unpaired probability）。AlphaRNA提供了一种基于DFA图进行Motif约束的方法，该方法在不明显增加计算量的同时，隐式地将约束加入到密码子优化地过程中以获得更好的密码子偏好性和更稳定的二级结构，以优化其表达量和半衰期、抗体滴度等。可以支持任意数量和长度的序列。

参数说明

Amino acid sequence of CDS/ORF

所需要优化的编码区氨基酸序列，例如：

MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAIL

Enzyme restrictions

要限制（避免出现在优化后序列中）的酶切位点，可多选。

Motif restrictions

需要限制的Motif序列，可指定多个，可手动输入不在列表中的新序列，使用空白符分隔。

Weights of CAI

CAI的lambda系数，正值越大能够调大结果中的CAI, 可设置多个，可为负值，负值越大表示越降低CAI。

Weights of GCR

GC碱基比例(GCR)的lambda系数，正值越大能够调大结果中的GCR, 可设置多个，可为负值，负值越大表示越降低GCR。

结果说明

输出结果文件为result.csv，包含信息如下：