Protein Docking (FRODOCK)
简介
FRODOCK是由西班牙Pablo Chacón教授开发的蛋白-蛋白对接软件。FRODOCK使用球谐函数（spherical harmonics）的旋转搜索提高对接效率。全局能量优化采用 6D（3D 旋转 + 3D平移）刚体详尽搜索（rigid-body exhaustive search）固定配体的构象。复合物的结合能考虑范德华力、静电和去溶剂化三个能量项。在抗原-抗体复合物、酶-底物、其他蛋白复合物的基准测试集中效果表现很好。具有以下技术特点：
- 采用球谐函数旋转搜索提高对接效率。
- 采用6D（3D 旋转 + 3D平移）进行详尽搜索采样。
参数说明
Receptor File
受体结构文件，PDB格式。
Ligand File
配体结构文件，PDB格式。
Interaction Type
相互作用类型。
Constraints File
限制文件，文本格式如下：
其中"GLY A 269"代表受体部分的残基名称"GLY"、链名称"A"、残基编号"269"；“SER A 81"代表配体部分的残基"SER”，链名称"A"，残基编号"81"；"5"代表受配体残基之间的距离在5Å。
Clusters Number
生成构象聚类最大数目。
Output TopN
保存的得分最高分子的PDB文件。
Reference File
参考结合配体分子(用于比较)，格式：PDB。
结果说明
输出结果包括：
| 输出文件名称 |
说明 |
| complex_01.pdb-complex_10.pdb |
输出打分前十的复合物构象 |
| output_complex_TopN.tar.gz |
输出所有复合物结构的压缩包文件 |
| TopN_score.csv |
提供复合物构象的对接打分，其中打分值越大，结合能力越强。 |
| output_ligand_TopN.tar.gz |
输出所有配体结构的压缩包文件 |
其中TopN_score.csv包括信息如下：
| 字段名称 |
说明 |
| NO |
打分排序 |
| Euler1 |
配体旋转α角度（ZYZ顺序旋转的欧拉角） |
| Euler2 |
配体旋转β角度（ZYZ顺序旋转的欧拉角） |
| Euler3 |
配体旋转γ角度（ZYZ顺序旋转的欧拉角） |
| posX |
配体质心所在位置的X坐标 |
| posY |
配体质心所在位置的Y坐标 |
| posZ |
配体质心所在位置的Z坐标 |
| Absolute_Energy_Score |
绝对能量分数用来评估复合物结合能力强弱。 |
| Ligand_File |
配体文件名称 |
| complex_pdb |
复合物文件名称 |
参考文献
Ramírez-Aportela E, López-Blanco JR, Chacón P. FRODOCK 2.0: fast protein-protein docking server. Bioinformatics. 2016 Aug 1;32(15):2386-8.
