Protein Docking (HDOCK)

简介

HDOCK是由华中科技大学物理学院黄胜友教授团队开发的一个集成了同源搜索、基于模板建模、结构预测、大分子对接、生物信息整合的快速蛋白质-蛋白质对接程序。HDOCK使用基于快速傅里叶变换 (FFT) 的对接算法对所有结合模式进行全局采样，然后通过迭代导出的基于知识的评分函数对结合模式进行打分。在多个基准测试中显示很好的预测效果。具有以下技术特点：

1. 支持氨基酸序列作为输入和混合对接策略
2. 支持蛋白-DNA/RNA对接
3. 计算速度快，几分钟内完成对接

参数说明

Receptor File

受体的结构文件，PDB格式

Ligand File

配体的结构文件，PDB格式

Output TopN

输出打分最高的复合物PDB文件个数

Grid Space

平动网格间距

Angle Interval

转动角间距

Receptor Binding Site

受体的结合位点残基。
结合位点残基可以作为一个文件(.txt)提交，格式如下：

195:A
203-206:A
108:B

表示A链的195号、203-206号残基以及B链的108号残基。请注意，文件中的残基应该放在不同的行上。

Ligand Binding Site

配体的结合位点残基。
结合位点残基可以作为一个文件(.txt)提交，格式如下：

195:A
203-206:A
108:B

表示A链的195号、203-206号残基以及B链的108号残基。请注意，文件中的残基应该放在不同的行上。

Restraints

相互作用氨基酸之间的距离约束。
距离约束可以作为一个文件(.txt)提供，格式如下：

195:A 236:B 8
215-218:A 306:B 6

其中，受体上的A链195号残基和配体上的B链236号残基的距离将在8埃之内。受体上的A链215-218号残基和配体上的B链306号残基的距离将在6埃之内。
注意：对于每个约束，第一个字段是受体，第二个字段是配体，第三个字段是约束距离。残基表示必须采用num:chainID或num1-num2:chainID格式，其中残基编号和链ID指的是输入结构（如果输入是结构）或模型结构（如果输入是序列）。

Cluster Cutoff

聚类RMSD截断值

Keep Receptor Heterogens

是否保留受体中非标准氨基酸：都保留（all），只保留水（water），指定保留非标准氨基酸（specify），去除所有非标准氨基酸（none）。

Receptor Specify Heterogens

多个残基用逗号（,）分隔开。例如：“X:UNL-1”，其中X为链名，UNL为非标准氨基酸残基名称，1为残基编号。

Keep Ligand Heterogens

是否保留配体中非标准氨基酸：都保留（all），只保留水（water），指定保留非标准氨基酸（specify），去除所有非标准氨基酸（none）。

Ligand Specify Heterogens

指定配体中需要保留非标准氨基酸，多个残基用逗号（,）分隔开。例如：“X:UNL-1”，其中X为链名，UNL为非标准氨基酸残基名称，1为残基编号。

结果说明

输出结果包括：

其中score.csv包括如下信息：

参考文献

• Yan Y, Tao H, He J, Huang S-Y.* The HDOCK server for integrated protein-protein docking. Nature Protocols, 2020.DOI:10.1038/s41596-020-0312-x.
• Yan Y, Zhang D, Zhou P, Li B, Huang S-Y. HDOCK: a web server for protein-protein and protein-DNA/RNA docking based on a hybrid strategy. Nucleic Acids Res. 2017;45(W1):W365-W373.DOI:10.1093/nar/gkx407