SeqKit
简介
Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。
该模块主要提供的功能有：
- 编辑序列（点突，插入，删除）
- 通过名称/序列来去除重复的序列、保存数量的文件并列出重复的seqs、保存重复seqs的文件
- 对序列进行转换（颠倒，互补，提取ID等）
参数说明
Clean模式
FASTA File
序列文件，FASTA格式。
GAP
指定序列中需要清理掉的间隔字符。
Output File
指定输出序列文件名称，FASTA格式。
Edit模式
FASTA File
序列文件，FASTA格式。
Output File
指定输出序列文件名称，FASTA格式。
Point Mutation
对FASTA文件进行单独突变：在给定位置改变碱基。例如：“2:C”为将第二位碱基变为胞嘧啶（C）；“-1:A”为将最后一位碱基变为腺嘌呤（A）。
Deletion Mutation
删除突变：删除指定范围内的子序列，例如，“1:2”表示删除前两个碱基，“-3:-1”表示删除最后三个碱基。
Insertion Mutation
插入突变：在给定位置后插入碱基，例如，“0:ACGT”表示在开头插入ACGT，“-1:”表示在末尾添加。
Threads
CPUs数目。
Remove Duplicates模式
FASTA File
序列文件，FASTA格式。
Output File
指定输出序列文件名称，FASTA格式。
Duplicated Type
按name (-n)或按seq (-s)删除重复序列。
Save Data
保存重复序列数和列表的文件(-D)或保存重复序列的文件(-d)。
Threads
CPUs数目。
Transform模式
FASTA File
序列文件，FASTA格式。
Output File
指定输出序列文件名称，FASTA格式。
Transform Sequences
转换类型，包括如下几种：
–complement：互补序列
–dna2rna：DNA转RNA
–rna2dna：RNA转DNA
–lower-case：以小写形式打印序列
–upper-case：以大写形式打印序列
Threads
CPUs数目。
FASTA2Seq模式
FASTA File
序列文件，FASTA格式。
Output File
指定输出序列文件名称，FASTA格式。
结果说明
按照指定要求得到FASTA文件。
参考文献
Shen W, Le S, Li Y, Hu F. SeqKit: A Cross-Platform and Ultrafast Toolkit for FASTA/Q File Manipulation. PLoS One. 2016 Oct 5;11(10):e0163962.
