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模块信息
介绍文档
| 编号 | 109 | |
| 名称 | Property Filter | |
| 封面 | ![]() | |
| 描述 | 基于导入的分子属性(例如从SDF文件导入)或在运行时对分子进行计算来选择分子的子集。支持的输入文件格式为:SD(.sdf,.sd)。支持的输出文件格式为:SD(.sdf,.sd)。 | |
| 标签 |
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| 作者 | Open Babel | |
| 发布时间 | 2021-12-28 06:06:09 | |
| 参考文献 | O'Boyle NM, Banck M, James CA, Morley C, Vandermeersch T, Hutchison GR. Open Babel: An open chemical toolbox. J Cheminform. 2011 Oct 7;3:33. | |
目录导航
- 简介
- 参数说明
- Input File
- Property
- Relation
- Value
- Logic Operator
- Output File
- 结果说明
- 参考文献
Property Filter
简介
Property Filter模块可以基于导入的分子属性(例如从SDF文件导入)或在运行时对分子进行计算来选择分子的子集。支持的输入文件格式为:SD(.sdf,.sd)。支持的输出文件格式为:SD(.sdf,.sd)。
参数说明
Input File
小分子结构文件,SDF格式。
Property
过滤属性,相关的描述符含义分别如下:
L5 (Lipinski rule of five):类药物五原则,指的是一组用于评估化合物作为口服药物潜力的规则,包括的规则为HBD<5、HBA1<10、MW<500以及logP<5。
HBA1 (Number of hydrogen bond acceptors 1 [JoelLib]):用于识别化合物中符合此模式的氢键受体,其匹配的SMARTS格式为[$([!#6;+0]);!$([F,Cl,Br,I]);!$([o,s,nX3]);!$([Nv5,Pv5,Sv4,Sv6])]
HBA2 (Number of hydrogen bond acceptors 2 [JoelLib]):用于识别另一种模式的氢键受体,其匹配的SMARTS格式为[$([$([#8,#16]);!$(*=N~O);!$(*~N=O);X1,X2]),$([#7;v3;!$([nH]);!$(*(-a)-a)])]
HBD (Number of hydrogen bond donors [JoelLib]):其匹配的SMARTS格式为[!#6;!H0],用于识别化合物中符合此模式的氢键供体。
logP (Octanol/water partition coefficient):辛醇/水分配系数,是衡量化合物在辛醇与水之间分配的比例,通常用于预测化合物的疏水性。
MW (Molecular weight):分子量。
abonds (Number of aromatic bonds):芳香键的数量,SMARTS格式为*:*。
atoms (Number of atoms):原子数量,通过添加或去除氢原子来计算总原子或重原子数量,SMARTS格式为*。
bonds (Number of bonds):键的数量,通过添加或去除氢原子来计算总键或重原子之间的键,SMARTS格式为*~*。
cansmi (Canonical SMILES):规范化的SMILES(简化分子线性输入规范),用于唯一表示化合物的线性结构。
cansmiNS (Canonical SMILES without isotopes or stereo):不含同位素或立体化学信息的规范化SMILES。
dbonds (Number of double bonds):双键的数量,SMARTS格式为*=*。
formula (Chemical formula):化学式。
InChI (IUPAC InChI identifier):国际化学标识符。
InChIKey (InChIKey):InChI的简化版,固定长度的字符串,用于快速查找和识别化合物。
MP (Melting point):熔点,是由Andy Lang开发的熔点描述符,用于预测化合物的熔点。
MR (Molar refractivity):摩尔折射率,是化合物体积和极化率的量度,通常用于评估分子间相互作用。
nF (Number of fluorine atoms):氟原子的数量,SMARTS格式为F,用于识别化合物中的氟原子数量。
s/smarts (SMARTS filter):SMARTS过滤器,用于根据特定模式筛选化合物。
sbonds (Number of single bonds):单键的数量,SMARTS格式为*-*。
tbonds (Number of triple bonds):三键的数量,SMARTS格式为*#*。
title (For comparing a molecule's title):用于比较分子标题的信息。
TPSA (Topological polar surface area):拓扑极性表面积,是分子中极性区域的表面积总和,通常用于预测药物的吸收性和透过性。
Relation
选择属性的名称和所需的关系(如>、<、=、>=、<=、!=),多个符号用逗号(,)分隔。当筛选性质为L5时,该栏填None。
Value
属性过滤器的截止值。当筛选性质为L5时,该栏填None。
Logic Operator
前后条件的逻辑关系连接符(&&或者||),多个用逗号分隔
Output File
输出文件名称。
结果说明
得到筛选后的SDF结构文件output.sdf。



